1.渊源不同：行省制度起源于元代，发展于明清。郡县制起源于春秋战国时期，几乎盛行于整个封建时代。
2.制度内容不同：省制设置在中央，地方，简称“省政府”。县制是中央政府下的地方行政单位，组织结构与中央政府略有相同。有郡长、郡长、郡督(监督审查官)。
3.作用不同：省制加强中央集权，巩固多民族国家的团结(设立有限的省而不是中书省来管理其权力范围以外的地区，中央再从大局出发对各省进行约束，给纲，突出纲，有效加强中央的集中管理)；行省制度的建立是中国古代地方行政制度的一次重大改革，是中国行省制度的开端。郡县制有效地加强了君主的中央集权，有利于政治稳定和经济发展。各诸侯国在中央、县、乡三级形成了一套相对系统的行政机构，在地主阶级的中央集权统治中发挥了重要作用。