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唇裂患者在他们的直系或旁系亲属中可以发现有类似的畸形。因此，认为唇裂畸形与基因遗传有一定关系。流行病学调查表明，直系亲属中有唇裂畸形者的后代唇裂发生率高于直系亲属中无唇裂畸形者。遗传学研究也认为，唇裂属于多基因遗传病，唇裂的病因多为遗传。