总司令是领导首都的警备署，主要领导首都。明朝时，在杜愚指挥都指挥所下设有指挥都指挥所。总指挥是一个指挥员，拿三级，副总指挥是两个指挥员，拿三级。有四个指挥官，两个城镇长官，两个有经验的长官，一个长官，一个官员，一个大使和一个副手。
亲京军直属第五军总督署，京军创建的禁卫军隶属工部，此外还有守卫陵墓的禁卫军。外卫分配到连队，连队或者留守连队。各卫负责本卫及所属地方的军政事务，指挥指挥分工类似一般师。指挥指挥、知指挥者，负责管理禁卫事务，名为手印、书籍，主管屯田、军队巡查、营务、巡逻、水运、御备、哨岗。