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tRNA中有许多稀有碱基，占总核苷酸的5%-20%。虽然核苷酸组成和排列顺序不同，但tRNA的三个末端都含有CCA序列，是所有tRNA接收氨基酸的特定位置。所有tRNA分子折叠成紧凑的三叶草二级结构和L型三维构象，结构相对稳定，半衰期超过24小时。